Организация продает в розницу по ЕНВД через магазин и по УСН через сайт. Как можно сделать так, чтобы фискальный регистратор выдавал чеки по разным системам налогообложения? Конфигурация розница 2.
То есть если клиент пришел в магазин то чек должен выйти по ЕНВД, а если через сайт продажа, то нужно, чтобы пробили чек и чек вышел по УСН

с Яндекс кассой работают через Интернет-магазин

Да реальная ККТ (не арендованная у яндекса или кого еще) может пробивать чеки по разным СНО.
И их можно использовать в т.ч. для интернет-магазинов.

В отличие от яндекс-кассы, которая только для инета

(2) как это можно сделать с реальной ККТ?

(3) Обычно прочитать инструкцию (мануал) и сделать по ней ))

а из 1С чтобы печаталось? разве в Рознице нет таких настроек?