Типовой отчет, в строках таблицы добавляю группировку "физлицо + сотрудник" - всё ок, выводится и физлицо и сотрудник.
Затем добавляю код физлица и табельный номер.
Код физлица (или любой другой реквизит) появляется у всех.
А табельный номер (или любой реквизит сотрудника) - частично.

Смотрел запрос. Табельный номер отдельным полем не формируется, а на дочерние поля самого сотрудника никаких ограничений нет.

Куда копать? Если везде выводится сотрудник, почему не везде выводятся его реквизиты?

В отчете есть поле "Основной сотрудник", вот его надо было использовать.