вопрос именно касается как правильно создавать схему и как правильно ее применять, в просторах интернета читаю статьи и вообще не вкуриваю

тут не читали:
http://catalog.mista.ru/public/98019/

(0) Я бы для начала разобрался с созданием xsd. Установите XMLSpy, сделайте простую схему, поиграйтесь с разными валидаторами. Как разберетесь, пробуйте импортировать ее в 1С и создавать объект XDTO.