Запрос=Новый Запрос("Выбрать ОрганизацияНаКоторуюМеняем Из РегистрСведений.pustoshСопоставлениеОрганизацийДляКПК Где (ДатаНач>=&МояДатаНач)И(ДатаКон<=&МояДатаКон)И(Организация=&МояОрганизация)И(ВГруппеКонтрагентов=Истина)И(&Контрагент В ИЕРАРХИИ(ГруппаКонтрагентов))");
    Запрос.УстановитьПараметр("МояДатаНач",Источник.Дата);
    Запрос.УстановитьПараметр("МояДатаКон",Источник.Дата);
    Запрос.УстановитьПараметр("МояОрганизация",Источник.Организация);
    Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент",Источник.Контрагент);
    Выборка=Запрос.Выполнить().Выбрать();
    Если Выборка.Следующий() Тогда
         Сообщить(Выборка.Организация);
    КонецЕсли;

Дает ошибку запрос:
Ошибка при выполнении обработчика - 'ПередЗаписью'
по причине:
{ОбщийМодуль.PUSTOSH.Модуль(20)}: Ошибка при вызове метода контекста (Выполнить)

по причине:
{(1, 226)}: Неверные параметры "В ИЕРАРХИИ"
Выбрать ОрганизацияНаКоторуюМеняем Из РегистрСведений.pustoshСопоставлениеОрганизацийДляКПК Где (ДатаНач>=&МояДатаНач)И(ДатаКон<=&МояДатаКон)И(Организация=&МояОрганизация)И(ВГруппеКонтрагентов=Истина)И(&Контрагент В ИЕРАРХИИ(<<?>>ГруппаКонтрагентов))

Поле ГруппаКонтрагентов - это измерение моего РС.

(0) > ОбщийМодуль.PUSTOSH
Тлен и безысходность...

Нельзя так делать, смирись.

(2) мне надо выбрать тех контрагентов, которые находятся в группе Контрагентов, а группа является измерением регистра сведений

(3) > мне надо
Не могу воспрепятствовать.

Конструкция В ИЕРАРХИИ языка запросов 1С не поддерживает в качестве параметра произвольные поля. Извини.

(4) ок

Наверное,нужно внутреннее соединение с таблицей контрагентов сделать с отбором по контрагенту и иерархией в соединении.

(6) > и иерархией в соединении.
Не получится, Зияющий, не получится.

Аргументом В ИЕРАРХИИ может быть только параметр или независимая выборка, никаких сторонних полей. Лепите вспомогательные структуры.

Вариант , получить всех родителей контрагента, добавить их в список, а затем использовать конструкцию ГруппаКонтрагентов в &СписокРодителейКонтрагента.