НовыйОтбор.ЛевоеЗначение = Новый ПолеКомпоновкиДанных("ДолгКонечныйОстаток");
НовыйОтбор.ВидСравнения = ВидСравненияКомпоновкиДанных.Меньше;
НовыйОтбор.ПравоеЗначение = 0;
НовыйОтбор.Использование = Истина;

Все бы хорошо, но вот итоги не правильные(

http://piccy.info/view3/12662189/ebf729f19ea31341fa3b18d7aa062caa/

так в запросе надо отбирать на меньше нуля

(2) дык а у меня как)

(0) а ДолгКонечныйОстаток случайно не вычисляемое поле?

(4) да нет, агрегатное поле обыкновенное:
ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
    СУММА(РасчетыСКлиентами.СуммаКонечныйОстаток) КАК ДолгКонечныйОстаток,
    РегистрАналитикаУчетаПоПартнерам.Организация КАК Организация,
    РегистрАналитикаУчетаПоПартнерам.Партнер КАК Партнер,
    ВЫБОР
        КОГДА РегистрАналитикаУчетаПоПартнерам.Партнер = &ПартнерКиев
            ТОГДА "Киев"
        КОГДА РегистрАналитикаУчетаПоПартнерам.Партнер = &ПартнерЛьвов
            ТОГДА "Львов"
        ИНАЧЕ "Завод"
    КОНЕЦ КАК ОтборФилиалы
ИЗ
    РегистрНакопления.РасчетыСКлиентами.ОстаткиИОбороты(
            &НачалоПериода,
            &КонецПериода,
            Авто,
            ,
            Валюта = &Валюта
                И АналитикаУчетаПоПартнерам.Организация = &Организация) КАК РасчетыСКлиентами

задача вообще какая выбрать партнеров у которых долг КонечныйОстаток<0? и только по ним итог посчитать? так в тексте запроса и ставь условие на меньше 0

Роли у полей итогов заданы?