Написать текст запроса ручками, без использования конструктора.
Либо запускать конструктор там, где этот регистр будет виден, - в расширении (например из модуля набора зписей этого регистра). Но в таком случае в конструкторе тебе будут доступны только таблицы, имеющиеся в расширении, а таблицы основной (расширяемой) конфигурации, но не включенные в расширение, - нет.
Есть другой способ. Создавать запрос в консоле запросов в толстом клиенте в пользовательском приложении. В конструкторе запроса видны все таблицы.
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший