ВЫБРАТЬ
    |    Номенклатура.Ссылка КАК Ссылка,
    |    Номенклатура.Производитель КАК Производитель
    |ИЗ
    |    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    |ИТОГИ
    |    КОЛИЧЕСТВО(РАЗЛИЧНЫЕ Ссылка)
    |ПО
    |    Производитель

Как сформировать условие, чтобы когда буду обходить по итогу, были только значения где количество больше единицы?

Нужен пакетный запрос: там сгруппировать, а потом сделать внутренне соединение.
Имеющие в этом запросе применить нельзя.
А вообще Сгруппировать По + Имеющие.

(0) На итоги условие не наложишь в запросе. Поэтому первым запросом с группировкой отбирай нужные во временную, а потом соединяй.

Или условие в обходе выборки