Служба 1с стартует с системной учетной записью
Как сделать чтобы пользователи могли читать/записывать файлы в папке через 1С, но при этом через проводник доступа не должно быть в принципе

Только через usr1cv8 службу запускать и только ему права на папку дать?

"с системной учетной записью" // Локал систем что ли?

Если клиент-серверный вариант, то запускать службу от имени определенного пользователя. Этому пользователю дать права на папку. Обпесечить доступ к этой папке с сервера 1С. Все операции ввода-вывода делать на сервере

Создайте в AD отдельную учетную запись (Системную) и ей назначьте права