Собственно с обновлением в справочниках, плане счетов не появилсоь новых предопределенных элементов, в конфигураторе они есть.
Одну базу обновил нормально, со второй засада. Это можно как-нибудь полечить?

Откройте палитру свойств справочника и посмотрите что указано в свойстве "Обновление предопределенных данных".

(1) типовая БП 3.0. Стоит Авто.

Сделайте копию базы, затем запустите базу с параметром /SetPredefinedDataUpdate -UpdateAutomatically

И запустите так же ТИИ

(4) тестирование перед обновлением делал.
(3) сейчас попробую.

(3) сделал. Тольку ноль. Смотрю справочник НаборыДополнительныхРеквизитовИСведений.
В конфигураторе у него мого элементов, в режиме предприятия, ни одного.

(6) в предприятии дерни запросом, не надо этих формочек.

а они точно должны появиться? Может в двух базах настройки разные?

(6) может отсюда что-то поможет? http://catalog.mista.ru/public/295750/