Физ лицо не являющееся сотрудником организации получил доходы от организации, которые не являются их заработной платой. При этом предприятие должно удержать НДФЛ. Каким документом это отразить в УПП 1.3?

(0) В этой версии УПП блок зарплаты соответствует ЗУП 2.5 ?

Тогда надо использовать док Корректировка учета по НДФЛ, страховым взносам и ЕСН

(1) да зуп 2.5,  Корректировка учета по НДФЛ, страховым взносам и ЕСН не делает проводок по 68.01, точнее вообще никаких проводок документ не делает

(2) Вы в бухгалтерском блоке УПП сделайте выплату, там и проводки все будут

А в зарплатном блоке останется только отразить эти суммы для попадания в 6-НДФЛ, 2-НДФЛ с помощью указанного дока