Есть документ "заказ поставщику", и в табличной части товары поле "назначение",
в котором выбран "заказ клиента", то в заказе клиента в структуре подчиненности отображается как подчиненный заказу клиенту из справочника Назначения, как сделать так что бы он выводился как подчиненный документу "заказ поставщику".

т.е. заказ клиента должен быть подчинен заказу поставщику? это как? всегда наоборот, потребность возникает при заказе клиента

(0) краткий ответ - никак
краткий ответ 2 - раздавай необходимым людям режим "все функции" и пусть смотрят РН ОбеспечениеЗаказов

либо свою смотрелку/отображалку им нарисуй