В УНФ такая ситуация: допустим, покупатель приобрел товар на 1000 рублей, через расходную накладную, но по договоренности оплачивает через неделю. В форме списка расходная накладная висит как неоплаченная. Далее, оказывается, что часть товара бракованная, и создается документ "Возврат от покупателя" (например, на 200 рублей), на основании существующей Расходной накладной. Далее покупатель оплачивает 800 рублей, по взаиморасчетам получается, что никто никому не должен, и Расходная накладная как бы оплачена.

Однако в форме списка Расходная накладная продолжает висеть как частично оплаченная (зеленый кружок частично окрашен). Судя по коду, высчитывается только полная сумма документа и оплаты по нему, а возвраты не учитываются. Действительно ли это так? Или что-то где-то "недокручено"?

может быть запросто недокручено. в УНФ (после недолгой работы с ней) таких косяков - без проблем.
проверь точно ли возрат прошел по нужной аналитике. проверь по чем идут взаиморасчеты - может только по заказам.

Подниму тему...