В общем - попытались выгрузить документы в НОВУЮ базу - везде, где предопределенные элементы справочников - стоит теперь "объект не найден". То есть статьи ДДС, ставки НДС и т.д.
Как можно их синхронизировать?

Используй актуальную версию обработки

(1) это документы надо будет перегружать или только элементы справочников?

хммм, моя версия от 2014 года показывается. есть актуальнее?

(3) не скажу с какого года, но там добавили выгрузку предопределенных по имени