Графа = Метаданные.ЖурналыДокументов.РегламентныеДокументы.Графы.Организация;
ГрафаСсылка = Графа.Ссылка[2]; // Реквизит Организация документа Расяет уцрсовых разниц

В обхекте метаданных ГрафаСсылка нет ссылки на объект конфигурации
Как получить документ владелец реквизита графы журнала документов ?

(0) Никак.
Или вопрос задан некорректно. Или неверно ставится задача. Или неверны исходные данные (их больше).
Журнал - это обычная плоская таблица. Если у тебя есть только значение отдельно взятого реквизита (ячейки) из этой таблицы, и при этом нет записи целиком (строки таблицы), то узнать что находится в других реквизитах (ячейках) этой же записи (строки таблицы) возможности нет.