Простенький запрос:

ВЫБРАТЬ
    Спр.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    Справочник.ААА КАК Спр
ГДЕ
    Спр.Ссылка = &Ссылка
    И НЕ Спр.Ссылка В ИЕРАРХИИ (&Группа)

Выполняется не очень быстро. Как ускорить?

судя по тексту запроса, тебе нужен метод ПринадлежитЭлементу

(2) А не один..., как спросил Вовочку папа?

(0) Есть ограничение уровней иерархии?

(3) на этот вопрос ответит Профайлер.
но теоретически, прийти с книжкой и сверится с каталогом, это быстрее чем ходить в библиотеку за книжкой по ссылке и искать её вхождение в каталог.

ВЫБРАТЬ
    Спр.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    Справочник.ААА КАК Спр
ГДЕ
    Спр.Ссылка = &Ссылка
    И НЕ Спр.Ссылка В (&СписокГруппИерархии)

(2) Ого. Значительно быстрее. Я почему-то думал "ПринадлежитЭлементу" медленный метод.

(6) Так пробовал. Не покатило.

(7) в каком смысле не прокатило?

(8) Что бы подготовить "СписокГруппИерархии" нужно время.