ОСН. Закрываем месяц, закрывается 20й счет. Непоняятные проводки. Условно
20.01/60 - услуга от поставщика, БУ+НУ, 100 руб по поступлению.

Закрытие
90.08.1/20.01 (закрытие счетов косвенных расходов), БУ - 0, НУ - 100, ВР - (-100 красным).
90.02.1/20.01 (корректирова выпуска продукции(услуг)), БУ - 100, НУ - 20,48, ВР - 78,52(черным).

Откуда и почему могут делать проводки в закрытии такие? Что посмотреть?

(0) Добавлю, что главбух ожидает от программы, что она все закроет на 90.08.1 и проводки в дебет 90.02.1 не требуются вообще.

на истину не претендую

первая проводка - перенос суммы с временных разниц на ну - я бы на тестовой перепровел доки за месяц, походу кто-то чего-то поменял во всяких там номенклатурах или еще где в настройках
вторая проводка сама за себя говорит - ищи в оборотах счета 20.01 кто там такую проводку сделал, там могут быть суммы в валюте, ну как пример

в конце концов можно отладчиком залезть в модуль проведения документа Регламентная операция и выловить когда оно нужную проводку генерит

(0) можно попробовать обновиться до последней версии, можно (2) попробовать. что Вам проще?