пользую Дерево = Запрос.Выполнить().Выгрузить(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкамСИерархией)
Родитель во всех строках = Неопределено
Это нормально или я косячу где то?

Вроде косячу, нашел где ))

Вот тебя прёт ночью в выходные деревья собирать))