Коллеги подскажите пожалуйста,  как лучше сделать одно расширение и писать все доработки в это расширение, или на каждую задачу делать свое расширение?

Смотря,что вы хотите.
Если делать готовые наработки,которые ставить на несколько баз,то много.
В остальных случаях,хоть и отказ в случае одного расширения более вероятен(отключение после обновления конфигурации),но в случае нескольких расширений,меняющих данные,все равно,каккя-то часть конфигурации может стать недоступной.
Не имея же аналитика грамотно разделить доработки на несколько рамширений будет очень сложно,и более вероятна ситуация,когда одна доработка будет делаться сразу в нескольких расширениях,а это тупиковый путь.

(0) расширения друг-друга "не видят", придётся делать одно

(0) лучше делают при выборе инструмента для достижения поставленной цели доступными средствами/ресурсами

Если пишешь в одно лицо и для одного заказчика, то и расширение будет одно.

Если писателей много или заказчиков много, то чаще пишут каждый сам себе или каждому заказчику, т.к. не согласовывается состав каждого конкретного расширения.

Когда же есть кто-то вроде Архитектора, то он сам и согласовывает что будет в одинх расширениях, а что в других.