Запрос Н.Ссылка из Справочник.Номенклатура как Н Где Н.Ссылка В ИЕРАРХИИ(&СЗотбор)
в  списке значениий СЗотбор содержатся элементы - группы (Родитель) из Справочник.Номенклатура с разными уровнями
т.е некоторые записи это группы на 2 уровне и некоторые это группы на 4 уровне.
Запрос выполняется.
Вопрос, как узнать какие записи были отобраны по какому элементу из СЗотбор ?

(0) Никак. Если у тебя будут в списке друг другу подчиняющиеся элементы и в список попал третий ещё на более низком уровне, то он по какому из них попал? Ответ по обоим, а колонку видеть хочется наверное одну, правда же :-)

(1) так в скуле наверняка сравнивается по ИЛИ, а не по И
Поэтому ответ будет правильный

(2) отбор то будет правильный, а ответ на твой вопрос вопрос будет зависеть от твоих предпочтений (предположительно ты захочешь увидеть самый нижний подходящий уровень)

(3) мне подходит любой

(4) тогда в цикле формируй текст запроса и в каждый кусок - отбор только по одному элементу

(5) тогда ему будет несколько попадать)))

(4) В иерархии нельзя применять в соединениях. Поэтому строй свою иерархию, если количество уровней ограничено, то должно быть не сложно

(0) "как узнать какие записи были отобраны по какому элементу из СЗотбор", "мне подходит любой" - что с этой бесполезной информацией делать?
Подходит любой, не важно какой. :-)
Если на столько не важно, то смысл это искать? Где это используется или планируется использовать?

(8) Если выбрано признаку1 или признаку3 или признаку5 , то значит не по признаку2 или признаку4
Это и есть информация