Подключили основную конфу к хранилищу конфигураций.
Не подскажите ли как лучше обновлять релиз у такой конфигурации?

(0) получить из хренилища и галочку рекурсивно

предварительно не забудьте положить в хренилище обновление релиза конфы

Решили так.
1. Отключаем тестовую от хранилища, обновляем, тестируем. Изменения в расширениях правим но в хранилище не кидаем.
2. В рабочей захватываем корень хранилища с рекурсией, обновляем.
3. Помещаем изменения в расширениях в хранилища и обновляем их в рабочей.
4. Применяем все изменения в рабочей и помещаем захваченные объекты в хранилище.
5. Обновляем тестовые.

(2) удаленные в релизе объекты при этом остались в хранилище

(2) зачем такие сложности? подключайте прод и тестовую базу к одному хранилищу. в тестовой рекурсивно захватываете и объектиняете. потом помещаете. в проде - получаете все изменения.