Привет!
1. Отключился от хранилища
2. Внес нужные правки кода
3. Как мне сравнить/объединить измененную конфу без хранилища с хранилищем? Неужели только сохранять в файл, потом подключаться к хранилищу, захватывать корень, и потом делать сравнение /объединение с файлом?

А зачем ты отключался от хранилища? Оно вообще-то и нужно, чтобы вносить правки в захваченные объекты.

Создайте новую базу. Подключите её к хранилищу. Сохраните конфу в файл.
Потом из своей запустите сравнение конфигураций. Укажите свою как вторую, а конфу хранилища первой.

(1) чтобы хотфикснуть прод по-живому

(3) Типа мимо истории хранилища, чтобы никто не заметил? :)

(4) Если на предприятии очень сложный девопс, то иногда проще сделать хотфикс через расширение сразу на проде. И те же доработки запушить в хранилище, чтобы потом изменения добрались до прода. При этом расширение надо будет отключить.

(4) нет, типа если обновлять полностью из хранилища, то там могут быть выложенные, но непроверенные изменения по другим задачам. а так отключаешься от хранилища, правишь точечно свой баг и живёшь до следующего обновления. но это конечно плохая практика, лучше (5)

(6) "могут быть выложенные, но непроверенные изменения по другим задачам" - Имхо, хреново тогда выстроена система разработки, если подтянув базу из хранилища, можно поломать прод непротестированными изменениями.

(2) "Укажите свою как вторую, а конфу хранилища первой."
Это как сделать? Так?

(6) Подключать продовую конфу к разработческому хранилищу - это вершина "гениальности"!

(8) так, только наоборот