Эстония...
Ладно. Если записи есть, хотя есть и реквизит даты снятия учёта, то шалит Закрытие месяца.
Идём в модуль менеджера этой обработки:
// Если подразделение было снято с учета, тогда требуется выполнять актуализацию только до конца года с даты снятия учета.
Если БухгалтерскийУчетПереопределяемый.ОбособленноеПодразделение(Организация) Тогда
ДатаСнятияСУчета = Справочники.Организации.ДатаСнятияСУчета(Организация, ПределАктуализацииЗакрытияМесяца);
Если ЗначениеЗаполнено(ДатаСнятияСУчета) И ПределАктуализацииЗакрытияМесяца > КонецГода(ДатаСнятияСУчета) Тогда
ПределАктуализацииЗакрытияМесяца = КонецГода(ДатаСнятияСУчета);
КонецЕсли;
КонецЕсли;
Поставьте остановы в отладчике и гляньте что здесь творится. Почему пропускается в РС запись долей по закрытому подразделению?
Будут записи - будет и Приложение 5.
Не будет записей - не будет и Приложения 5.