При проведении отчета о розничных продажах в регистр Книга доходов и расходов раздел 1 попадает сумма с минусом и далеко не 7% (положена льгота по усн) например 496 670,00 доходы всего а в графу доходы попадает - -363 497,55, Подскажите в какую сторону копать

(0) Не назван релиз - это раз.
Сам налог УСН_7 не должен идти в КУДиР, он на основании доходов и расходов рассчитывается и не может быть рассчитан сам от себя. Это два.

Вывод: бесполезно. Представляю, что Вы там нарубили в бедной программе.

(1) Она базовая в ней не нарубишь, релиз 185.19

Копай в сторону корректировок проводок- это у вас из-за смены системы налогообложения

Я уже сталкивался с этим https://infostart.ru/1c/tools/2490651/

(3) Так не было смены , причем в 2024 нормально считает а в 2025 такая дичь