Почитал интернеты. Все вроде просто.
Модифицируем msi при помощи ORCO для доменной установки с нужными параметрами + GPO.
Но вот есть у нас список общих баз и хотелось бы в одном задании GPO это все сделать, а не отдельно.
Может кто то знает параметры в MSI+ORCO что бы установка еще подхватила и мой файл 1cestart.cfg в котором прописаны общие списки ИБ. Или есть какой то другой вариант.
PS: Про установку скриптами знаю, но пока ищу другой вариант.

Список общих баз должен редактироваться без переустановки, так что только скрипты групповой политики при логине в домен

А разве не проще положить 1cestart.cfg в C:\Users\Все пользователи\1C\1CEStart ?