Переносим остатки по незавершенному производству из УПП в КА.
Используем как источник регистр Незавершенное производство.
В нем есть измерения Статья/Затрата.
Остатки такого Вида:
Статья: Основное сырье (Материальные)
    Затрата: Номенклатура1
             Номенклатура2
             Номенклатура3
Статья  Амортизация ОС
    Затрата Производственные расходы      100р
            По материальным затратам      500р
      

По документации для ввода остатков надо использовать 2 документа:
1. Ввод остатков собственных товаров (по складу с типом кладовая цеха) - для материальных
2. Прочие расходы для косвенных.

Вопрос:
1. Если вводить остатки по материальным документом ввод остатков собственных товаров - то там нет колонки статья, как я писал выше в УПП в регистре НЗП номенлктура на статье висела  Основное сырье (Материальные).
2.  А как в Прочих расходах указав статью затрат указать, что отдельно:
Производственные расходы      100р
По материальным затратам      500р

Создали в ERP заказы на производство, и по одному этапу к ним. В этапе заполняем Обеспечение - материальные НЗП в Кладовой, обособлено, назначение - заказ.  
Материальные НЗП заводили документом Ввод остатков собственных товаров в Кладовую, с указанием назначения - заказ на производство.
Прочие расходы переносили документом Ввод остатков прочих расходов, с указанием сопоставленной Статьи и аналитика- пария производства (создается при создании этапа ранее).

В ЕРП совсем другой принцип аналитики в производственных затратах.
Отнесение номенклатуры к материалам, таре и т.п. определяется в спецификации. Пока номенклатура лежит на складе она не может быть отнесена ни к чему. Когда вы ее потратите на выпуск, вот тогда и определится статья калькуляции ее использования.
Со статьями расходов аналогично, только статья калькуляции указывается в самой статье.

(2)

Не обязательно. Можно документом "Внутреннее потребление" списать материалы на статью затрат. Точно так же как списываются материалы на 25,26 счет.

(0) Если хотите котловым методом учитывать то создаете статью затрат "Материалы НЗП". Но тогда можно забыть про работу со спецификациями.

(3) Это уже прочие расходы по статье. Это не расход номенклатуры в "чистом" виде по спецификации.
И статья калькуляции указывается в самой статье расходов.
Но опять-таки, до распределения расходов на выпуск, статья калькуляции никакого смысла не несет.
(4) И давайте трахаться с распределением этих затрат. Совет - огонь.

У нас КА. Будет использоваться документ Выпуск Без Заказа. Управленчески Производственный блок так и останется в УПП. Из УПП в КА будут прилетать уже заполненные документы Выпуск без заказа с использованными материалами. Спецификации не нужны

(1) у нас не исплдьзуются заказы на производство в КА как я писал выше

честно говоря так и не понял, если по статье косвенных было указано 2 варианта распределения  в регистре НЗП Производственные расходы      
По материальным затратам      
то как этот остаток заводить в КА?

(5)

По ситуации надо смотреть.

1. Если один выпуск по производству то просто распределение на выпуск, скажем по плановой себестоимости.
2. Если нет спецификации. Например, есть уникальный дом, туда уже списали цемент, гвозди арматуру, а сдача объекта по частям и вот надо сдать условно подвал/фундамент. И бух должна сидеть выбирать сколько там гвоздей, сколько арматуры?  Или просто посчитать некую долю.

(6)
1. Насколько часто бывают возвраты ТМЦ из производства.
2. Насколько часто требуется отчитаться: по такому-то проекту у нас вот такие реальные остатки материалов.
2.1 Проводится инвентаризация материалов переданных в производство?

(8) Это как - одновременно два варианта распределения расходов? Вы ничего не путаете? Точно один и тот же расход в одной и той же сумме распределяется ОДНОВРЕМЕННО по двум разным вариантам?